Siesta sur Jean Zay

Présentation

Siesta est un programme de dynamique moléculaire ab inition et de simulation de structure électronique.

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Version Modules à charger Commentaires
4.0.2 siesta/4.0.2-mpi-cudaVersion de production CPU

Commentaires

Attention : Des problèmes de fuites de mémoire sont en cours de résolution.

Script de soumission sur la partition CPU

siesta.slurm
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1               # Allocate 1 node
#SBATCH --ntasks-per-node=40    # 40 MPI tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=1       # 1 thread OpenMP
#SBATCH --hint=nomultithread    # Disable hyperthreading
#SBATCH --time=10:00:00         # Expected runtime HH:MM:SS (max 100h)
#SBATCH --job-name=t-3000K
#SBATCH --output=%x.o%j            # Output file %x is the jobname, %j the jobid 
#SBATCH --error=%x.o%j            # Error file
##
## Please, refer to comments below for
## more information about these 4 last options.
##SBATCH --account=<account>@cpu       # To specify cpu accounting: <account> = echo $IDRPROJ
##SBATCH --partition=<partition>       # To specify partition (see IDRIS web site for more info)
##SBATCH --qos=qos_cpu-dev      # Uncomment for job requiring less than 2 hours
##SBATCH --qos=qos_cpu-t4      # Uncomment for job requiring more than 20h (only one node)
 
# Cleans out the modules loaded in interactive and inherited by default
module purge
 
# Load the module
module load siesta/4.0.2-mpi-cuda
 
srun siesta < b2o3.fdf

Remarques

  • Les jobs ont tous des ressources définies dans Slurm par une partition et une “Qualité de Service” QoS (Quality of Service) par défaut. Vous pouvez en modifier les limites en spécifiant une autre partition et/ou une QoS comme indiqué dans notre documentation détaillant les partitions et les Qos.
  • Pour les comptes multi-projets ainsi que ceux ayant des heures CPU et GPU, il est indispensable de spécifier l'attribution d'heures sur laquelle décompter les heures de calcul du job comme indiqué dans notre documentation détaillant la gestion des heures de calcul.