Crystal sur Jean Zay

Présentation

Crystal est un programme de modélisation de structure électronique de matériaux 3D, 2D et 1D. Il peut également être utilisé pour des molécules.

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2017-v1.0.2crystal/17_v1.0.2-mpiVersion de production CPU

Script de soumission sur la partition CPU

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1               # Number of nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=40    # Number of tasks per node
#SBATCH --hint=nomultithread    # Disable hyperthreading
#SBATCH --job-name=crystal      # Name of the job
#SBATCH --output=%x.o%j               # Output file %x is the jobname, %j the jobid 
#SBATCH --error=%x.o%j               # Error file
#SBATCH --time=20:00:00         # Expected runtime HH:MM:SS (max 100h)
##
## Please, refer to comments below for
## more information about these 4 last options.
##SBATCH --account=<account>@cpu       # To specify cpu accounting: <account> = echo $IDRPROJ
##SBATCH --partition=<partition>       # To specify partition (see IDRIS web site for more info)
##SBATCH --qos=qos_cpu-dev      # Uncomment for job requiring less than 2 hours
##SBATCH --qos=qos_cpu-t4      # Uncomment for job requiring more than 20h (only one node)
 
# Manage modules
module purge
module load crystal/17_v1.0.2-mpi
 
# This will create the directory for temporary file in the scratch
# If you do not want to keep those file use $JOBSCRATCH instead
export WorkDir=$SCRATCH/$SLURM_JOBID
 
srun Pcrystal 

Remarques

  • Les jobs ont tous des ressources définies dans Slurm par une partition et une “Qualité de Service” QoS (Quality of Service) par défaut. Vous pouvez en modifier les limites en spécifiant une autre partition et/ou une QoS comme indiqué dans notre documentation détaillant les partitions et les Qos.
  • Pour les comptes multi-projets ainsi que ceux ayant des heures CPU et GPU, il est indispensable de spécifier l'attribution d'heures sur laquelle décompter les heures de calcul du job comme indiqué dans notre documentation détaillant la gestion des heures de calcul.