CPMD sur Jean Zay

Présentation

CPMD est un logiciel de dynamique moléculaire ab initio utilisant la théorie de la fonctionnelle de la densité et des bases en ondes planes.

Afin d'obtenir l'accès à CPMD à l'IDRIS, vous devez au préalable vous enregistrer auprès de CPMD pour obtenir une licence ; cette licence est valable à titre personnel. Comme nous le demande CPMD, une vérification est faite par l'assistance avant de pouvoir vous ouvrir les accès.

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Versions disponibles

Version Modules à charger Commentaires
4.3 MPI, CUDAcpmd/4.3-mpi-cuda
cuda/10.1.1
Version de production CPU/GPU

Exemple d'utilisation sur la partition CPU

Utilisation sur 1 seul noeud de calcul

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1            # Number of nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # Number of tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=1    # Number of OpenMP threads per task 
#SBATCH --hint=nomultithread # Disable hyperthreading
#SBATCH --job-name=abinit            # Jobname
#SBATCH --output=%x.o%j            # Output file %x is the jobname, %j the jobid 
#SBATCH --error=%x.o%j            # Error file
#SBATCH --time=10:00:00      # Expected runtime HH:MM:SS (max 100h)
##
## Please, refer to comments below for
## more information about these 4 last options.
##SBATCH --account=<account>@cpu       # To specify cpu accounting: <account> = echo $IDRPROJ
##SBATCH --partition=<partition>       # To specify partition (see IDRIS web site for more info)
##SBATCH --qos=qos_cpu-dev      # Uncomment for job requiring less than 2 hours
##SBATCH --qos=qos_cpu-t4      # Uncomment for job requiring more than 20h (only one node)
 
# Manage modules
module purge
module load cpmd/4.3-mpi-cuda cuda/10.1.1
 
srun cpmd.x cpmd.in

Exemple d'utilisation sur la partition GPU

La version GPU n'a pas encore été testée pour le moment.

Remarques

  • Les jobs ont tous des ressources définies dans Slurm par une partition et une “Qualité de Service” QoS (Quality of Service) par défaut. Vous pouvez en modifier les limites en spécifiant une autre partition et/ou une QoS comme indiqué dans notre documentation détaillant les partitions et les Qos.
  • Pour les comptes multi-projets ainsi que ceux ayant des heures CPU et GPU, il est indispensable de spécifier l'attribution d'heures sur laquelle décompter les heures de calcul du job comme indiqué dans notre documentation détaillant la gestion des heures de calcul.