CP2K sur Jean Zay

Présentation

CP2K est un logiciel de chimie quantique de de physique du solide permettant de simuler des solides, des liquides, des molécules, des systèmes périodiques, etc. Il est basé sur la théorie de la fonctionnelle de la densité et une combinaison d'ondes planes et de gaussiennes comme base d'orbitale.

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6.1 popt cp2k/6.1-mpi-popt Version MPI
6.1 psmp Plumed cp2k/6.1-mpi-psmp-plumed Version MPI, Plumed
6.1 popt cuda cp2k/6.1-mpi-cuda-popt
cuda/10.1.1
Version MPI/CUDA
6.1 psmp cuda cp2k/6.1-mpi-cuda-psmp
cuda/10.1.1
Version Hybride MPI/OpenMP/CUDA

Exemple d'utilisation sur la partition CPU

cp2k.slurm
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1            # Number of nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # Number of tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=1    # Number of OpenMP threads per task
#SBATCH --hint=nomultithread # Disable hyperthreading
#SBATCH --job-name=Si_bulk8          # Jobname
#SBATCH --output=%x.o%j            # Output file %x is the jobname, %j the jobid
#SBATCH --error=%x.o%j            # Error file
#SBATCH --time=10:00:00      # Expected runtime HH:MM:SS (max 100h)
##
## Please, refer to comments below for
## more information about these 4 last options.
##SBATCH --account=<account>@cpu       # To specify cpu accounting: <account> = echo $IDRPROJ
##SBATCH --partition=<partition>       # To specify partition (see IDRIS web site for more info)
##SBATCH --qos=qos_cpu-dev      # Uncomment for job requiring less than 2 hours
##SBATCH --qos=qos_cpu-t4      # Uncomment for job requiring more than 20h (only one node)
 
# Manage modules
module purge
module load cp2k/6.1-mpi-cuda-psmp cuda/10.1.1
 
# Execution
srun cp2k.popt -o ${SLURM_JOB_NAME}.out ${SLURM_JOB_NAME}.inp

Remarques

  • Les jobs ont tous des ressources définies dans Slurm par une partition et une “Qualité de Service” QoS (Quality of Service) par défaut. Vous pouvez en modifier les limites en spécifiant une autre partition et/ou une QoS comme indiqué dans notre documentation détaillant les partitions et les Qos.
  • Pour les comptes multi-projets ainsi que ceux ayant des heures CPU et GPU, il est indispensable de spécifier l'attribution d'heures sur laquelle décompter les heures de calcul du job comme indiqué dans notre documentation détaillant la gestion des heures de calcul.