Abinit sur Jean Zay

Présentation

Abinit est un logiciel de modélisation des matériaux utilisant la théorie de la fonctionnelle de la densité.

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VersionModules à charger Commentaires
8.10.3 abinit/8.10.3-mpi Version de production CPU/GPU
8.8.2 abinit/8.8.2-mpiVersion de production CPU/GPU
7.0.5 abinit/7.0.5 Version de production

Script de soumission sur la partition CPU

abinit.slurm
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1            # Number of nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # Number of tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=1    # Number of OpenMP threads per task
#SBATCH --hint=nomultithread # Disable hyperthreading
#SBATCH --job-name=abinit            # Jobname
#SBATCH --output=%x.o%j            # Output file %x is the jobname, %j the jobid 
#SBATCH --error=%x.o%j            # Error file
#SBATCH --time=10:00:00      # Expected runtime HH:MM:SS (max 100h)
##
## Please, refer to comments below for
## more information about these 4 last options.
##SBATCH --account=<account>@cpu       # To specify cpu accounting: <account> = echo $IDRPROJ
##SBATCH --partition=<partition>       # To specify partition (see IDRIS web site for more info)
##SBATCH --qos=qos_cpu-dev      # Uncomment for job requiring less than 2 hours
##SBATCH --qos=qos_cpu-t4      # Uncomment for job requiring more than 20h (only one node)
 
# Nettoyage des modules charges en interactif et herites par defaut
module purge
 
# Chargement du module
module load abinit/8.8.2-mpi
 
# Execution
srun abinit < BAMA_N4.files

Remarques

  • Les jobs ont tous des ressources définies dans Slurm par une partition et une “Qualité de Service” QoS (Quality of Service) par défaut. Vous pouvez en modifier les limites en spécifiant une autre partition et/ou une QoS comme indiqué dans notre documentation détaillant les partitions et les Qos.
  • Pour les comptes multi-projets ainsi que ceux ayant des heures CPU et GPU, il est indispensable de spécifier l'attribution d'heures sur laquelle décompter les heures de calcul du job comme indiqué dans notre documentation détaillant la gestion des heures de calcul.