Jean Zay : accès et shells

Accès aux machines

Jean Zay :

La connexion à la frontale de Jean Zay se fait par ssh depuis une machine enregistrée à l'IDRIS :

$ ssh mon_login_idris@jean-zay.idris.fr

puis saisissez votre mot de passe, si vous n'avez pas configuré de clef ssh.

La frontale jean-zay est la seule qui soit visible et directement accessible par les utilisateurs ; elle offre les fonctionnalités suivantes : connexion interactive, compilation pour les autres nœuds du cluster, préparation, soumission et suivi des jobs. Les jobs parallèles doivent être exécutés via le gestionnaire de batch Slurm à partir de la frontale.

Jean Zay pré et post-traitement :

La connexion interactive à la frontale de pré et post-traitement se fait par ssh depuis une machine enregistrée à l'IDRIS :

$ ssh mon_login_idris@jean-zay-pp.idris.fr

puis saisissez votre mot de passe, si vous n'avez pas configuré de clef ssh.

L'offre de pré/post-traitement installée à l'IDRIS se compose de quatre machines HPE équipées chacune de 3 Tio de mémoire, de bi-processeurs Intel Cascade Lake 6132 12-cœurs et d'un GPU Nvidia V100. La frontale jean-zay-pp offre les fonctionnalités suivantes : connexion interactive, compilation, préparation, soumission et suivi des jobs avec le gestionnaire de batch Slurm.

Pour utiliser les nœuds de pré et post-traitement en batch, il suffit de spécifier la partition prepost en préparant un job, que ce soit sur la frontale jean-zay ou jean-zay-pp.

Connexion par clef ssh

La connexion par clef ssh est possible sur Jean Zay. Il vous suffit d'avoir générer une paire de clefs ssh en respectant les recommandations de l'IDRIS et de taper la commande :

$ ssh-copy-id mon_login_idris@jean-zay.idris.fr

Cela copie votre clef publique dans le fichier $HOME/.ssh/authorized_keys de Jean Zay.

Gestion de son environnement

Votre espace $HOME est commun à toutes les frontales de Jean-Zay. Par conséquent, chaque modification de vos fichiers d'environnement personnels s'applique automatiquement sur toutes les machines.

Quels sont les shells disponibles sur les machines de l'IDRIS ?

Le Bourne Again shell (bash) est le seul interpréteur de commandes supporté comme shell de login sur les machines de l'IDRIS : l'IDRIS ne garantit pas que l'environnement utilisateur par défaut soit correctement défini avec les autres shells. Le bash est une évolution importante du Bourne shell (ancien sh) avec des fonctionnalités avancées. Cependant, d'autres interpréteurs (ksh, tcsh, csh) sont aussi installés sur les machines pour permettre l'exécution de scripts utilisant ces shells.

Quels sont les fichiers d'environnement invoqués lors du lancement d'une session login en bash ?

Le fichier .bash_profile, s'il existe dans votre HOME, est exécuté au login une seule fois pendant une session. Sinon c'est le fichier .profile qui est exécuté, s'il existe. C'est dans un de ces fichiers que l'on place les variables d'environnement, les programmes à lancer à la connexion. La définition des alias, des fonctions personnelles et le chargement de modules sont à mettre dans le fichier .bashrc qui, lui, est exécuté au lancement de chaque sous-shell.

Il est préférable de n'utiliser qu'un seul fichier d'environnement : le .bash_profile ou .profile. Attention, l'écrasement de la variable PATH conduit toujours à des catastrophes, c'est pourquoi il est toujours conseillé de conserver le PATH fourni par la machine. Si vous souhaitez ajouter un répertoire de recherche pour l'exécution de commandes locales lors de toutes vos futures sessions, il faut procéder de la manière suivante, dans votre .bash_profile ou .profile :

$ export PATH=$PATH:repertoire_a_ajouter

Comment faire pour avoir un environnement convivial en bash ?

Suivant le type d'éditeur que vous appréciez, le bash vous propose 2 modes d'édition à l'aide de la commande set :

$ set -o emacs # pour être en mode emacs
$ set -o vi # pour être en mode vi