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Jean Zay : compilation d'un code parallèle MPI en Fortran, C/C++
L'environnement MPI à utiliser sur Jean Zay est l'environnement Intel.
Les différentes versions de l'environnement MPI Intel disponibles sur Jean Zay sont activables au moyen de la commande “module”. Il faut penser à activer également les compilateurs Intel avant de lancer la compilation.
Exemple de chargement :
$ module avail intel-mpi ------------------------- /gpfslocalsup/pub/module-rh/modulefiles ------------------------- intel-mpi/16.0.4 intel-mpi/18.0.1 intel-mpi/18.0.5 intel-mpi/19.0.2 intel-mpi/19.0.4 $ module load intel-compilers/19.0.4 intel-mpi/19.0.4
Compilation :
La compilation et l'édition de liens d'un programme MPI se fait en utilisant les scripts mpiifort
pour un code Fortran, mpiicc
pour un code C ou encore mpiicpc
pour un code C++ :
$ mpiifort source.f90 $ mpiicc source.c $ mpiicpc source.C
les commandes de compilation mpiifort
(respectivement mpiicc
et mpiicpc
) font référence au compilateur Intel ifort
(respectivement icc
et icpc
). Elles incluent automatiquement les chemins du module fortran mpif.h
et les bibliothèques nécessaires à MPI.
Remarque :
- L'exécution d'un programme MPI doit se faire en batch (via la commande
srun
ou un job Slurm) pour éviter de saturer la frontale.